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抗日战争之前，曹炳章编纂了《中国医学大成》，备受中医界推崇。可惜此书刊行未半，日本发动侵华战争，印刷被迫中断，仅有１３６种问世。《中医古籍珍本集成》上接《中国医学大成》余绪，补前贤之遗憾，以传承中医药之经典， 弘扬中华传统文化。
丛书初步计划整理、点校、评注的古代文献为３６０种。为方便读者深入研读古籍，将在原版影印的基础上进行校勘、注释、点评、解读。点评标注于书中相应部位，如同古人的读书批注。
据担任丛书常务副总主编的南京中医药大学文献研究所所长王旭东教授介绍，丛书暂定为１５卷，分别为医经卷、伤寒金匮卷、温病卷、诊断卷、本草卷、方书卷、内科卷、外伤科卷、妇科卷、儿科卷、五官科卷、针灸卷、气功养生卷、医案医话医论卷和综合卷。
《中医古籍珍本集成》由湖南科学技术出版社策划倡议，南京中医药大学领衔组织编纂。丛书将尽量选择母本或现存最早的版本、精校本、完整本等最佳版本作为底本，采用现代技术手段，对底本原版进行影印，以求保持中医古籍原貌，真实反映出珍本古籍的版本特征，最大限度地发挥珍本古籍的学术价值和文献价值。
《中医古籍珍本集成》及续编一部分书目：
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 伤寒类证活人书
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 伤寒论
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 伤寒论浅注
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 伤寒百证歌 伤寒九十论 伤寒要旨药方
伤寒明理论 伤寒活人指掌补注辩疑 伤寒兼证析
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 注解伤寒论
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 伤寒总病论伤寒发微论
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 伤寒悬解
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 伤寒补亡论
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 金匮玉函经二注
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 金匮钩玄金匮要略心典
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 伤寒论纲目 上
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 伤寒论纲目 下
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 伤寒溯源集 上
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 伤寒溯源集 下
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 伤寒寻源
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 伤寒直格 伤寒贯珠集
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 尚论后篇
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 伤寒来苏集 上 1233
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 伤寒来苏集 下
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 金匮翼 上 1233
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 金匮翼 下
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 金匮要略论注 上
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 金匮要略论注 下
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 金匮玉函经
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷 金匮要略方论
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷金匮要略浅注
中医古籍珍本集成 伤寒金匮卷尚论篇
中医古籍珍本集成 温病卷 温病条辨 上
中医古籍珍本集成 温病卷 温病条辨 下
中医古籍珍本集成 温病卷 松峰说疫 上
中医古籍珍本集成 温病卷 松峰说疫 下
中医古籍珍本集成 温病卷 温热经纬 上
中医古籍珍本集成 温病卷 温热经纬 下
中医古籍珍本集成 温病卷 阴证略例、温热病指南集
中医古籍珍本集成 温病卷 温热暑疫全书
中医古籍珍本集成 温病卷 痧胀源流、疫疹一得
中医古籍珍本集成 温病卷 温疫论、痎疟论疏
中医古籍珍本集成 温病卷 瘟疫明辨、温热论
中医古籍珍本集成 温病卷 痧胀玉衡
中医古籍珍本集成 温病卷 广瘟疫论、湿热条辨
中医古籍珍本集成 温病卷 续编 随息居重订霍乱论
中医古籍珍本集成 温病卷 续编 伤寒瘟疫条辨 上
中医古籍珍本集成 温病卷 续编 伤寒瘟疫条辨 下
中医古籍珍本集成 温病卷 续编 时病论 上
中医古籍珍本集成 温病卷 续编 时病论 下
中医古籍珍本集成 医经卷 灵枢素问节要浅注 上
中医古籍珍本集成 医经卷 灵枢素问节要浅注 下
中医古籍珍本集成 医经卷 内经评文 素问、灵枢 上
中医古籍珍本集成 医经卷 内经评文 素问、灵枢 下
中医古籍珍本集成 医经卷 素问直解 上
中医古籍珍本集成 医经卷 素问直解 下
中医古籍珍本集成 医经卷 难经集注
中医古籍珍本集成 医经卷 读素问钞
中医古籍珍本集成 医经卷 古本难经阐注
中医古籍珍本集成 医经卷 续编 素问玄机原病式、素问病机气宜保命集
中医古籍珍本集成 医经卷 内经知要
中医古籍珍本集成 医经卷 续编 难经悬解
中医古籍珍本集成 医经卷 续编 内经博议
中医古籍珍本集成 妇科卷 胎产心法 上
中医古籍珍本集成 妇科卷 胎产心法 下
中医古籍珍本集成 妇科卷 增广大生要旨、达生编
中医古籍珍本集成 妇科卷 傅青主女科
中医古籍珍本集成 妇科卷 胤产全书
中医古籍珍本集成 妇科卷 经效产宝、胎产秘书
中医古籍珍本集成 妇科卷 胎产新书
中医古籍珍本集成 妇科卷 竹林女科证治
中医古籍珍本集成 妇科卷 续编 产宝百问、产宝诸方
中医古籍珍本集成 气功养生卷 养生四要、养生月览、类修要诀
中医古籍珍本集成 气功养生卷 抱朴子内篇 修龄要旨
中医古籍珍本集成 气功养生卷 饮膳正要、食色绅言、玉房秘诀
中医古籍珍本集成 方书卷 普济本事方
中医古籍珍本集成 方书卷 洪氏集验方、潜斋简效方
中医古籍珍本集成 方书卷 肘后备急方
中医古籍珍本集成 方书卷 太平惠民和剂局方
中医古籍珍本集成 外伤科卷 伤科汇纂 上
中医古籍珍本集成 外伤科卷 伤科汇纂 下
中医古籍珍本集成 外伤科卷 疮疡经验全书 上
中医古籍珍本集成 外伤科卷 疮疡经验全书 下
中医古籍珍本集成 外伤科卷 洞天奥旨
中医古籍珍本集成 针灸推拿卷 针灸大成 上
中医古籍珍本集成 针灸推拿卷 针灸大成 中
中医古籍珍本集成 针灸推拿卷 针灸大成 下
中医古籍珍本集成 针灸推拿卷 针灸聚英 上
中医古籍珍本集成 针灸推拿卷 针灸聚英 下
中医古籍珍本集成 针灸推拿卷 备急针灸、灸法秘传
中医古籍珍本集成 针灸推拿卷 铜人腧穴针灸图经
中医古籍珍本集成 针灸推拿卷 厘正按摩要术
中医古籍珍本集成 针灸推拿卷 推拿广意
中医古籍珍本集成 针灸推拿卷 续编 针经摘英集 扁鹊神应针灸玉龙经
中医古籍珍本集成 针灸推拿卷 续编 14经发挥、太乙神针
中医古籍珍本集成 医案医话医论卷 医学发明 客尘医话
中医古籍珍本集成 医案医话医论卷 医贯
中医古籍珍本集成 医案医话医论卷 壶中医相论、壶中药方便、百毒解
中医古籍珍本集成 医案医话医论卷 续编 芷园臆草存案、医贯砭
中医古籍珍本集成 儿科卷 婴童百问 上
中医古籍珍本集成 儿科卷 婴童百问 下
中医古籍珍本集成 儿科卷 幼科释谜、颅囟经
中医古籍珍本集成 儿科卷 麻科活人全书
中医古籍珍本集成 儿科卷 小儿病源方论 幼科铁镜
中医古籍珍本集成 儿科卷 续编 幼科发挥、福幼编
中医古籍珍本集成 儿科卷 续编 幼科要略、活幼心法
中医古籍珍本集成 诊断卷 脉义简摩 上
中医古籍珍本集成 诊断卷 脉义简摩 下
中医古籍珍本集成 诊断卷 医宗备要
